Đặc điểm miền chức năng và biến thiên trình tự protein NANB của Pasteurella multocida type D phân lập từ trâu tại tỉnh Đắk Lắk và so sánh với các chủng type B

Article Sidebar

Download (pdf)
Đã Xuất bản: Jun 30, 2026
Từ khóa:
autotransporter, Đắk Lắk, NanB, Pasteurella multocida, trâu, sialidase

Main Article Content

T. 20 S. 3 (2026): (Vol. 20 No.3/2026) Tạp chí Khoa học Tây Nguyên (TNJoS)

Đặc điểm miền chức năng và biến thiên trình tự protein NANB của Pasteurella multocida type D phân lập từ trâu tại tỉnh Đắk Lắk và so sánh với các chủng type B

Tác giả

Thái Nguyễn Văn
a:1:{s:5:"vi_VN";s:23:"https://www.ttn.edu.vn/";}
Hằng Trịnh Thị Thu
Đỉnh Nguyễn Ngọc
Trọng Nguyễn Văn
Hùng Vũ Khắc

Tóm tắt

Trong bối cảnh dữ liệu phân tử về Pasteurella multocida type D phân lập từ trâu tại Đắk Lắk còn hạn chế, nghiên cứu này phân tích protein neuraminidase NanB của một chủng type D, ký hiệu EH32, và so sánh với hai chủng type B gồm PM248 và chủng Iran dùng sản xuất vaccine. Trình tự NanB được rút trích từ dữ liệu giải trình tự toàn hệ gen; dự đoán peptide tín hiệu bằng SignalP–5.0, kiến trúc miền được chú giải bằng InterProScan và biến thiên acid amin được đánh giá bằng căn chỉnh đa trình tự. Kết quả cho thấy NanB của cả ba chủng đều mang peptide tín hiệu Sec/SPI với vị trí cắt bảo tồn tại 25/26 (TFG|QI) và có khung kiến trúc miền sialidase ở nửa đầu chuỗi cùng miền β–barrel autotransporter ở C–terminal. Trong phạm vi so sánh với allele NanB của hai chủng type B PM248/Iran, NanB của EH32 có mức độ đồng nhất tổng thể 87,2% tại các vị trí so sánh trực tiếp, trong đó biến thiên tập trung chủ yếu ở vùng passenger/sialidase (PID 76,2%) kèm các indel ngắn, trong khi vùng autotransporter bảo tồn cao (PID 97,7%). Trong phạm vi dữ liệu của nghiên cứu này, các biến thiên ghi nhận ở NanB của chủng EH32 tập trung chủ yếu tại vùng passenger/sialidase, gợi ý đây là vùng cần ưu tiên đánh giá thêm về chức năng sialidase, tính kháng nguyên và thích nghi niêm mạc bằng mô hình hóa cấu trúc 3D hoặc thí nghiệm chức năng.

Article Details

Cách trích dẫn
Nguyễn Văn, T., Trịnh Thị Thu, H., Nguyễn Ngọc, Đỉnh, Nguyễn Văn, T., & Vũ Khắc, H. (2026). Đặc điểm miền chức năng và biến thiên trình tự protein NANB của Pasteurella multocida type D phân lập từ trâu tại tỉnh Đắk Lắk và so sánh với các chủng type B. Tạp Chí Khoa học Tây Nguyên, 20(3), 15–26. Truy vấn từ https://tnjos.vn/index.php/tckh/article/view/726
Chuyên mục
Khoa học Nông Lâm nghiệp
Giấy phép Creative Commons

Tác phẩm này được cấp phép theo Giấy phép quốc tế Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDeri Phái sinh 4.0 .

Tài liệu tham khảo

  • Almagro A.J.J. et al. (2019). SignalP 5.0 improves signal peptide predictions using deep neural networks. Nature Biotechnology, 37(4), 420–423. https://doi.org/10.1038/s41587-019-0036-z
  • Blum, M. et al. (2025). InterPro: The protein sequence classification resource in 2025. Nucleic Acids Research, 53(D1), D444–D456. https://doi.org/10.1093/nar/gkae1082
  • Cao, X., et al. (2024). Pathogenicity and Genomic Characteristics Analysis of Pasteurella multocida Serotype A Isolated from Argali Hybrid Sheep. Microorganisms, 12(6), 1072. https://doi.org/10.3390/MICROORGANISMS12061072
  • Clarke, K.R. et al. (2022). Phylogenetic Classification and Functional Review of Autotransporters. Frontiers in Immunology, 13(July), 1–20. https://doi.org/10.3389/fimmu.2022.921272
  • De Alwis, M.C.L. (1999). Haemorrhagic septicaemia. In Australian Centre for International Agricultural Research (ACIAR) (Vol. 57). Brown Prior Anderson, Melbourne.
  • Ewers, C. et al. (2006). Virulence genotype of Pasteurella multocida strains isolated from different hosts with various disease status. Veterinary Microbiology, 114(3–4), 304–317. https://doi.org/10.1016/j.vetmic.2005.12.012
  • Gharibi, D. et al. (2016). Isolation, molecular characterization and antibiotic susceptibility pattern of Pasteurella multocida isolated from cattle and buffalo from Ahwaz, Iran. Archives of Razi Institute, 72(2), 93–100. https://doi.org/10.22092/ari.2017.109838
  • Hall, T.A. (1999). BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucleic Acids Symposium Series, 41, 95–98.
  • Harper, M. et al. (2006). Pasteurella multocida pathogenesis: 125 years after Pasteur. FEMS Microbiology Letters, 265(1), 1–10. https://doi.org/10.1111/J.1574-6968.2006.00442.X
  • Harris D.B. (2010). Type V Secretion: the Autotransporter and Two-Partner Secretion Pathways. EcoSal Plus, 4(1), 1–30. https://doi.org/10.1053/j.gastro.2019.03.013.
  • Jilani, M., et al. (2022). Elucidating the Structural Impacts of Protein InDels. Biomolecules, 12(10), 1435. https://doi.org/10.3390/BIOM12101435
  • Johnson, T.J. et al. (2013). Comparative genome analysis of an avirulent and two virulent strains of avian Pasteurella multocida reveals candidate genes involved in fitness and pathogenicity. BMC Microbiology, 13(1). https://doi.org/10.1186/1471-2180-13-106
  • Jones, P. et al. (2014). InterProScan 5: Genome-scale protein function classification. Bioinformatics, 30(9), 1236–1240. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu031
  • Käll, L. et al. (2004). A combined transmembrane topology and signal peptide prediction method. Journal of Molecular Biology, 338(5), 1027–1036. https://doi.org/10.1016/j.jmb.2004.03.016
  • Kearse, M. et al. (2012). Geneious Basic: An integrated and extendable desktop software platform for the organization and analysis of sequence data. Bioinformatics, 28(12), 1647–1649. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts199
  • Leo, J.C. et al. (2012). Type V secretion: Mechanism(S) of autotransport through the bacterial outer membrane. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 367(1592), 1088–1101. https://doi.org/10.1098/rstb.2011.0208
  • Lestari, T.D. et al. (2025). Hemorrhagic septicemia: A major threat to livestock health. Open Veterinary Journal, 15(2), 519–532. https://doi.org/10.5455/OVJ.2025.V15.I2.3
  • Luo, Y. et al. (1999). Sequence analysis of Pasteurella multocida major outer membrane protein (OmpH) and application of synthetic peptides in vaccination of chickens against homologous strain challenge. Vaccine, 17(7–8), 821–831. https://doi.org/10.1016/S0264-410X(98)00266-7
  • Miton, C.M., and Tokuriki, N. (2022). Insertions and Deletions (Indels): A Missing Piece of the Protein Engineering Jigsaw. Biochemistry, 62(2), 148–157. https://doi.org/10.1021/ACS.BIOCHEM.2C00188
  • Mizan, S. et al. (2000). Cloning and characterization of sialidases with 2-6′ and 2-3′ sialyl lactose specificity from Pasteurella multocida. Journal of Bacteriology, 182(24), 6874–6883. https://doi.org/10.1128/JB.182.24.6874-6883.2000
  • Nugroho, C.M.H. et al. (2022). Screening and purification of NanB sialidase from Pasteurella multocida with activity in hydrolyzing sialic acid Neu5Acα2-6Gal and Neu5Acα2-3Gal. Scientific Reports, 12, 9681. https://doi.org/10.1038/s41598-022-13635-x
  • Nguyen, T.V. et al. (2025). Comprehensive capsular, lipopolysaccharide, virulence, and antimicrobial resistance profiling of Pasteurella multocida isolated from buffaloes in Vietnam: First report of capsular type D and predominant L2 genotype. Veterinary World, 18(12), 4069–4081. https://doi.org/10.14202/vetworld.2025.4069-4081
  • R Core Team. (2025). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. https://www.R-project.org/
  • Sarangi, L.N. et al. (2014). Virulence genotyping of Pasteurella multocida isolated from multiple hosts from India. Scientific World Journal, 2014, 1–10. https://doi.org/10.1155/2014/814109
  • Seemann, T. (2014). Prokka: rapid prokaryotic genome annotation. Bioinformatics, 30(14), 2068–2069. https://doi.org/10.1093/BIOINFORMATICS/BTU153
  • Shayegh, J. et al. (2010). Potential of Pasteurella multocida isolated from healthy and diseased cattle and buffaloes in induction of diseases. Bulletin of the Veterinary Institute in Pulawy, 54(3), 299–304.
  • Tesfaye, A.B. et al. (2025). Advances in Pasteurella multocida Vaccine Development: From Conventional to Next-Generation Strategies. Vaccines, 13(10), 1–20. https://doi.org/10.3390/vaccines13101034
  • Thompson, J.D. et al. (1994). CLUSTAL W: Improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Research, 22(22), 4673–4680. https://doi.org/10.1093/nar/22.22.4673
  • Topolska, M. et al. (2025). Deep indel mutagenesis reveals the impact of amino acid insertions and deletions on protein stability and function. Nature Communications 2025 16:1, 16(1), 2617-. https://doi.org/10.1038/s41467-025-57510-5
  • Wick, R.R. et al. (2017). Unicycler: Resolving bacterial genome assemblies from short and long sequencing reads. PLOS Computational Biology, 13(6), e1005595. https://doi.org/10.1371/JOURNAL.PCBI.1005595
  • WOAH. (2021). Haemorrhagic Septicaemia (Pasteurella multocida serotypes 6:B and 6:E). In OIE Terrestrial Manual 2021 (pp. 1–16).
  • DTU Health Tech (n.d.) SignalP–5.0: Signal peptide and cleavage sites in gram+, gram- and eukaryotic amino acid sequences. Available at: https://services.healthtech.dtu.dk/services/SignalP-5.0/ (Accessed: 22 September 2025).
  • EMBL–EBI (n.d.) InterPro. Available at: https://www.ebi.ac.uk/interpro/ (Accessed: 22 September 2025).

Các bài báo được đọc nhiều nhất của cùng tác giả