Selection and cultivation of endophytic bacteria from durian trees antagonistic to Colletotrichum gloeosporioides in Dak Lak Province
Main Article Content
Selection and cultivation of endophytic bacteria from durian trees antagonistic to Colletotrichum gloeosporioides in Dak Lak Province
Abstract
Colletotrichum gloeosporioides is the causal agent of anthracnose in durian and is responsible for significant yield and quality losses, particularly under warm and humid conditions during the rainy season. This study aimed to isolate and screen indigenous endophytic bacteria from durian roots for their antagonistic activity against the pathogen. From 30 durian root samples, 20 bacterial strains were isolated. Antifungal activity was evaluated using the dual culture assay, and the data were analyzed by one-way ANOVA followed by Duncan's multiple range test (p Bacillus amyloliquefaciens based on 16S rRNA gene sequencing. Under flask culture conditions (36 °C, pH 7, 200 rpm), strain EB.KN18 reached a cell density of 95.0×10⁸ CFU/mL after 48 h. When cultivated in a 14 L bioreactor, the bacterial density reached 7.08×10¹¹ CFU/mL after 10 h. Bacillus amyloliquefaciens EB.KN18 is a promising candidate for the development of biological products, contributing to safe and sustainable durian cultivation.
Article Details

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.
References
- Ajuna, H.B. et al. (2023). The prospect of hydrolytic enzymes from Bacillus species in the biological control of pests and diseases in forest and fruit tree production. Int J Mol Sci., 24(23), 16889. doi: 10.3390/ijms242316889.
- Altschul, S. F. et al. (1990). Basic local alignment search tool. Journal of Molecular Biology, 215(3), 403-410.
- Aravind R. et al. (2009). Endophytic bacterial flora in root and stem tissues of black pepper (Piper nigrum L.) genotype: isolation, identification and evaluation against Phytophthora capsici. Letters in Applied Microbiology, 48, 58–64.
- Bekatorou, A., Plessas, S., and Mantzourani, I. (2015). Biotechnological exploitation of brewery solid wastes for recovery or production of value-added products. In V. R. Rai (Ed.). Advances in Food Biotechnology, 24, 393–414, https://doi.org/10.1002/9781118864463.ch24.
- Figueroa, M.A.G. (2022). Bioefficacy of Bacillus amyloliquefaciens strain DGA14 as potential microbial control agent against Colletotrichum gloeosporioides causing papaya anthracnose. International Journal of Current Microbiology and Applied Sciences, 11(3), 86-94. DOI: 10.20546/ijcmas.2022.1103.011.
- Frederico A. L. et al. (2019). Culture medium evaluation using low-cost substrate for biosurfactants lipopeptides production by Bacillus amyloliquefaciens in pilot bioreactor. Journal of Surfactants and Detergents, 23(1), 91-98.
- Holkar, S.M. et al. (2024). Characterization and bioefficacy of grapevine bacterial endophytes against Colletotrichum gloeosporioides causing anthracnose disease. Frontiers in Microbiology, 15, Article 1502788. https://doi.org/10.3389/fmicb.2024.1502788.
- Law, C.X. et al. (2025). A review on anthracnose disease caused by Colletotrichum spp. in fruits and advances in control strategies. Int J Food Microbiol., 442, 111397. doi: 10.1016/j.ijfoodmicro.2025.111397.
- Lê Hoàng Lệ Thủy và Phạm Văn Kim (2008). Phân loài nấm Colletotrichum gây bệnh thán thư trên xoài và sầu riêng tại đồng bằng sông Cửu Long và thử hiệu lực của sáu loại thuốc đối với các loài nấm này. Tạp chí Khoa học Trường Đại học Cần Thơ, 2008:10, 31-40.
- Lê Minh Tường và cộng sự (2024). Khả năng đối kháng của các chủng xạ khuẩn đối với nấm Colletotrichum sp. gây bệnh thán thư hại sầu riêng. Tạp chí Khoa học & Công nghệ Việt Nam, 66(2), 2.2024. DOI: 10.31276/VJST.66(2).75-80.
- Lê Thanh Khang, Nguyễn Thị Thu Hương và Lê Thị Thủy Tiên (2020). Hoạt tính kháng nấm Colletotrichum capsici gây bệnh thán thư trên ớt sau thu hoạch của tinh dầu tràm trà (Melaleuca alternifolia). Tạp chí Khoa học Đại học Cần Thơ, 56(CĐ Tự nhiên), 57-66.
- Luo, L. et al. (2022). Bacillus amyloliquefaciens as an excellent agent for biofertilizer and biocontrol in agriculture: An overview for its mechanisms. Microbiological Research, 259, 127016.
- Mai Văn Trị (2002). Một số bệnh hại trên cây ăn trái. Sổ tay người nông dân trồng cây ăn trái cần biết. Công ty dịch vụ Bảo vệ Thực vật An Giang, tr. 26-27.
- Ngo, V.A. et al. (2020). Phytophthora antagonism of endophytic bacteria isolated from roots of black pepper (Piper nigrum L.). Agronomy, 10, 286. doi: 10.3390/agronomy10020286.
- Ngô Văn Anh và cộng sự (2024). Nghiên cứu ứng dụng bã men bia làm nguồn C/N cho quá trình nhân nuôi vi khuẩn Bacillus velezensis EB.KN15. Tạp chí Khoa học Tây Nguyên, 18, 4-2024.
- Ngô Văn Anh và cộng sự (2024). Tuyển chọn và nhân nuôi vi khuẩn nội sinh cây sầu riêng kháng nấm Phytophthora palmivora tại huyện Cư Kuin tỉnh Đắk Lắk. Tạp chí Khoa học và Công nghệ Đại học Thái Nguyên, 229, 09.
- Nguyen, T.H. et al. (2024). New record of reusing brewing by-product for biosynthesis of prodigiosin and its novel anti-pathogen fungi via in vitro tests and molecular docking study. Research on Chemical Intermediates, 50, 925–949. https://doi.org/10.1007/s11164-023-05207-z.
- Nguyễn Ánh Linh và cộng sự (2023). Hoạt tính kháng nấm Colletotrichum spp. gây bệnh thán thư trên trái xoài cát Hòa Lộc sau thu hoạch của vi khuẩn lactic. Tạp chí Khoa học và Công nghệ Đại học Thái Nguyên, 228, 05.
- Nguyễn Lân Dũng và cộng sự (1972). Một số phương pháp nghiên cứu vi sinh vật học (Tập 1). Nhà xuất bản Khoa học và Kỹ thuật.
- Nguyễn Lân Dũng và cộng sự (1978). Một số phương pháp nghiên cứu vi sinh vật học (Tập 3). Nhà xuất bản Khoa học và Kỹ thuật.
- Nguyễn Thị Liên và cộng sự (2017). Phân lập và tuyển chọn vi khuẩn đối kháng với nấm Colletotrichum sp. gây bệnh thán thư trên hành lá. Tạp chí Khoa học, số 26, Trường Đại học Đồng Tháp, (6-2017).
- Phạm Trung Hiếu và cộng sự (2021). Thành phần hóa học và hoạt tính in vitro kháng nấm Colletotrichum spp. gây bệnh thán thư trên cây trồng của dầu nghệ (Curcuma longa L.). Tạp chí Khoa học và Công nghệ Việt Nam, 63, 6.
- Qiagen (2006). QIAquick Spin Handbook. Qiagen, Valencia, CA.
- Suhandono, S., and Utari, I. B. (2014). Isolation and molecular identification of endophytic bacteria from the arils of durian (Durio zibethinus Murr.) var. Matahari. Microbiology Indonesia, 8(4), 161–169. https://doi.org/10.5454/mi.8.4.3.
- Sutthisa, W. et al. (2024). Development of Trichoderma formulation and application to control durian anthracnose disease. Trends in Sciences, 21(1), 7276. DOI: 10.48048/tis.2024.7276.
- Trần Thị Hà Trang và cộng sự (2024). Nghiên cứu ứng dụng phụ phẩm thủy sản trong lên men Bacillus amyloliquefaciens EB.CK9 và đánh giá hoạt tính kháng nấm bệnh thực vật. Hội nghị Khoa học Toàn quốc về Công nghệ Sinh học 2024, 937-942.
- Tran Thi Ha Trang et al. (2025). Reutilization of soybean by-product for biomass production of Bacillus amyloliquefaciens and evaluation of its antifungal potential against Fusarium. Tạp chí Khoa học Tây Nguyên, Tập 19, Số 2-2025.
- Weisburg, W. G. et al. (1991). 16S ribosomal DNA amplification for phylogenetic study. Journal of Bacteriology, 173(2), 697-703.
- Yamamoto, S., Shiraishi, S., and Suzuki, S. (2015). Are cyclic lipopeptides produced by Bacillus amyloliquefaciens S13-3 responsible for the plant defence response in strawberry against Colletotrichum gloeosporioides? Letters in Applied Microbiology, 60(4), 379–386.
- Zanudin, N.A.B.M., Hasan, N.A., Mansor, P. (2020). Antagonistic activity of fungal endophytic isolated from Garcinia atroviridis against Colletotrichum gloeosporioides. Plant Pathology Journal, 27(3), 209-218.